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| Anno Accademico: 2014-2015 |
| Iscrizione on line | Appelli d'esame | Avvisi |
| Titolatura | Bioinformatica |
| CDS | Farmacia (DM270) |
| Docenti | |
| Anno(i) di frequenza | Quinto |
| Tipo di insegnamento | Corso |
| Codici/crediti |
Modulo unico:xxxx cfu:3 |
| Settore scientifico - disciplinare | CHIM/08 |
| Periodo lezioni | Primo semestre |
| Titolo - modulo A o unico | Lezioni di Bioinformatica (con elemento di progettazione molecolare) |
| Argomento: Modulo A | - Definizione di Bioinformatica - Definizione dei sistemi d’interesse della Bioinformatica - Menzione della necessità di individuare protocolli per la codifica dell’informazione strutturale dei relativa ai sistemi d’interesse - Piccolo glossario relativo ai termini che definiscono gli oggetti dello studio (Ligandi, macromolecole che costituiscono “target” biologici o “target” terapeutici, etc) - Tipi di simulazioni d’interesse (distinzione fra approcci “Ligand-based” ed approcci “Structure-based”) - Dettagli sulla Rappresentazione/Codifica della struttura di “piccole molecole” [Formula bruta, Formula di struttura, Struttura tridimensionale (3D)] - Sequenze di aminoacidi nelle proteine o sequenze di basi negli acidi nucleici Struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria di proteine - Dettagli sulla Rappresentazione/Codifica della struttura di macromolecole “target” - Descrizione sommaria dei “database” di rilevanza storica contenenti sequenze (Esempio: Swiss-Prot) e strutture 3D (Protein Data Bank) di macromolecole biologiche e “link” in cui sono accessibili su “web” - Concetto di risoluzione della struttura 3D di una macromolecola biologica - Importanza del “fold” di una proteina sulla sua funzione biologica Dettagli sugli approcci “Structure-based” - Alcuni tipi di sistemi biologici d’interesse - Programmi di “visualizzazione/manipolazione” di strutture molecolari - Generazione di modelli teorici sulla base dell’ “omologia” (Homology modelling”) - Brevi cenni dei concetti di termodinamica e cinetica che regolabo le ineteazioni ligando-macromolecola nei sistemi d’interesse - Calcolo delle proprietà molecolari: Approccio rigoroso ma inapplicabile ai casi d’interesse (Meccanica Quantistica) - Approccio meno rigoroso ma utilizzabile nei casi d’interesse (Meccanica Molecolare e metodi correlati) - Il concetto di “Force Field” (FF) – Programmi per computer che implementano differenti FF - Il concetto di “minimizzazione dell’energia”, “minimo energetico” locale o “minimo energetico” globale - Simulazioni di Dinamiche Molecolari - Il Docking molecolare - Le funzini di “scoring” - Dettagli sugli approcci “Ligand-based”: - Concetto di “grafo”, “indice topologico” e “descrittore molecolare” - Concetto di “indicatore biologico” - Alcuni semplici metodi per il calcolo di “indici topologici” - Alcuni dettagli sulle caratteristiche generali dei “descrittori molecolari” d’interesse storico: Costante di Hammett, Lipofilicità - Gli approcci QSPR/QSAR - Regressione (multi)lineare - Sviluppo di un modello predittivo (fasi di Allenamento e di Validazione) - Parametri statistici per la Validazione di un modello QSAR - “Screening” di librerie molecolari (molecole reali e molecole virtuali) – Fase di predizione Alcuni esempi di analisi di “database” via web - Ricerca di sequenze proteiche - Ricerca di strutture 3D di proteine “target” - Costruzione di un modello teorico di recetore biologco - Alcuni esempi di ricerca nei database di National Institute of Health (NIH) e National Cancer Institute (NCI) |
Ultimo aggiornamento: 22/4/2014
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